Corrían los primeros años de la década del noventa y para los profesores de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos se hacía cada vez más notorio el desfase entre la preparación académica de los egresados de secundaria y la requerida para ingresar a la universidad, así como desempeñarse eficientemente en el transcurso de sus futuros estudios. El caso de aquellos que habían obtenido preparación vía diversas academia, no era muy diferente.

Así en asamblea universitaria se propuso crear un centro de estudios que brinde una última y específica capacitación para postular al concurso de admisión y, al igual que otras universidades, se reserva un porcentaje de las vacantes que anualmente se ofrecen para los alumnos que por orden de mérito alcancen a cubrirlas al finalizar su formación en el Centro Preuniversitario.

Es así que por resolución Rectoral N 113064 del 19 de Agosto de 1993, se crea el centro Preuniversitario de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos.